CCP4 9.0アップデートまとめ
私の興味範囲のみのまとめです． 公式情報: https://www.ccp4.ac.uk/ccp4-8-0-updates/ リリースノートに記載されてないアップデートも実際にはあるのがCCP4 update. 実際にどのファイルが変わったのかは $CCP4/restore/update.log に記録されています． 9.0.006 2025-02-18公開 Acedrg 314 (rev 363) metal関係の修正 pdb fileを再び出力するようになった chiral signの決定方法の調整 (_chem_comp_bond.pdbx_stereo_configを見るように) sp2/sp3の判定方法の調整 2に関して．本来PDBファイルでの座標出力は必要ない (cifに含まれてる座標をPyMOL等で表示できるし，CootではImport Cif dictionaryしてからGet Monomerすれば良い)のだけど，あまりにも多くの人が無くて困ると言い出したということで，復活することになった． 3は，ccp4bb: Jeffamine dictionary の投稿を受けて．ただCCDのpdbx_stereo_config値をいつも信用して良いわけでは無さそう．また新たな混乱が起こるか…？ 4は，下記にあるようにHECの辞書を作り直すときに水素が1つだけ付いた(HECとしてそのまま結合できる)状態を作るために-1のchargeを与えて辻褄を合わせようとしたが，意図通りに動かなかったので修正してもらった． monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-9.0.006 metals.jsonの更新 #57 CCD側の変更を反映 (水素原子関係) #50 すべての金属含有化合物を更新 #58 #60 1はmetals.jsonが単に更新されたものだが，異常に小さいsigmaの値が含まれる場合があり注意が必要 (servalの更新が入るまで保留にしていた)． 2は以前CCDの更新を反映させた際に水素原子をスルーしてたので今回修正． 3ではついに金属含有化合物が一斉に更新された．HECは本来monomerとして登録されるべきではない間違ったものだが，とりあえずCoot等での利用のしやすさを考えて残した (HEMとCYSのlinkはCootがうまく認識しない)． Servalcat 0.4.100 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.100 0.4.99が入る予定だったが，twin refinementのやばすぎるバグを直した0.4.100を入れてもらった．metals.jsonのsigmaをcapするようになったこと，refmacatのmmcifに _atom_site.auth_comp_id や entity_poly が書かれるようになったのがCCP4的に重要な修正か．ccp4i2にNo refmac refinementのinterfaceも入った模様？ 9.0.005 2024-12-10公開 Acedrg 306 (rev 347) link作成のバグ修正 (動作しない状態になっていた) 金属含有化合物への対応(途中) 9.0.004 2024-10-19公開 Acedrg 298 (rev 330) link作成時にplane/torsionの名前が重複する問題の修正 デフォルトのmonomer IDがUNLからLIGに変更 金属含有化合物への対応(途中) Servalcat 0.4.88 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.88 ...