Ccp4

私の興味範囲のみのまとめです． 公式情報: https://www.ccp4.ac.uk/ccp4-8-0-updates/ リリースノートに記載されてないアップデートも実際にはあるのがCCP4 update. 実際にどのファイルが変わったのかは $CCP4/restore/update.log に記録されています． 9.0.012 2025-12-15公開 monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-9.0.012 理想角180°問題の修正 #65 AceDRGが修正され，理想角度が180°になるべき場合にちゃんと180°になるようになったので，該当するmonomerをupdate．sigmaに関してはまだ改善の余地あり metalCoord 0.2.5 https://github.com/Lekaveh/MetalCoordAnalysis/releases/tag/v0.2.5 Servalcat 0.4.126 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.126 twinに関する改善，MODRESヘッダの維持など．intensity refineも少し速くなったはず 9.0.011 2025-09-14公開 Acedrg 326 (rev 381) carborane対応が進行中 --withTree Brに関する修正 bond angle rmsdが全部3.0になるバグの修正 monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-9.0.011 ener_lib.cifのsp2 N原子に関する修正 #64 Refmac 5.8.0431 (rev 499) deuterium fraction refinementでの水素原子選択バグの修正 9.0.010 2025-06-21公開 monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-9.0.010 ASP/GLU/HISのprotonation variantの定義を追加 (ASPprot, GLUprot, HISprot1 and HISprot2) #59 CCDの最近の変更を反映 #62 Acedrg 320 (rev 373) 金属周囲の角度に関する修正 cif parserのバグ修正 (たぶん引用符まわり) metalCoord 0.2.1 https://github.com/Lekaveh/MetalCoordAnalysis/releases/tag/v0.2.1 ...

私の興味範囲のみのまとめです． 公式情報: https://www.ccp4.ac.uk/ccp4-8-0-updates/ リリースノートに記載されてないアップデートも実際にはあるのがCCP4 update. 実際にどのファイルが変わったのかは $CCP4/restore/update.log に記録されています． 8.0.019 2024-04-11公開 monomer library 下記の問題のために古いバージョンに戻されてしまった https://github.com/keitaroyam/servalcat/issues/14 8.0.018 2024-04-03公開 新しいServalcatが入るはずでしたが，GEMMIのビルドシステム変更のためにGEMMIのバージョンを上げられず， 最新のGEMMIを必要とするServalcatも次のCCP4メジャーアップデートまで見送りとなりました． このためAcedrgのアップデートも見送りとなりました． 既知のバグが直ってないままになるのは残念だけど仕方ない．早く次のバージョンが出ますように Coot 0.9.8.93 https://www.mail-archive.com/coot@jiscmail.ac.uk/msg05645.html Mutate Residue RangeでDNAがRNAになってしまう問題の修正 TYRのHH原子に関する問題の修正: https://github.com/pemsley/coot/commit/5b52df6509afd137d72c604a6dde1232fe6cff70 monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-8.0.018 AX/RXを追加．phaserで使われる未知の異常散乱/実原子．なぜか今までのRefmacでは定義無しで動いていたらしい？ #51 CCDにおける原子名の変更などを反映 #44 TYRのhh1 (OHのねじれ角)が間違っていたのを修正 #45 PROのNがsp2になってしまっていた問題の修正．すべてのP-peptideをプロトン化(NH2+)状態に #38 B12の修正 #41 PDBによるペプチド主鎖原子の修正を反映 #40 Robbieによる修正 #35 8.0.017 2024-01-18公開 Refmac 5.8.0425 http://fg.oisin.rc-harwell.ac.uk/scm/loggerhead/refmac/5.8/revision/487 残基数の最大値を50000から100000に symmetry related external bond distanceが正しく機能しないバグを修正 LINKヘッダに書く順序で認識されたりされなかったりするバグが発生しており，直っていない．Refmacatを使えば問題なし． CCP4i2 Refmac5インタフェースでRefmacatが使われるようになり，中性子構造の精密化のインタフェースが追加された． 残念ながらServalcatが古いままで，最近行った様々なバグ修正が反映されてない． Windowsでgemmi 0.6.4が正しく動かないバグが見つかったことが原因． doubleHelix 新プログラム https://doi.org/10.1093/nar/gkad553 8.0.016 2023-10-05公開 Coot 0.9.8.92 https://www.mail-archive.com/coot@jiscmail.ac.uk/msg05575.html 前回のad hocな解決方法ではDNA-SERやdisulfでも問題が起きることが分かったので，ついにちゃんとした修正が入りました． 一部まだ挙動が怪しいようですが． monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-8.0.016 ホスホジエステル結合(p)にtorsion angle alphaが抜けていたので追加 #33 Acedrg 278で20種のアミノ酸を更新 #32 すでにCCD (PDBの低分子ライブラリ)に存在しないエントリを削除 #30 gemmi 0.6.0以前でエラーになる項目を修正 #29 2.は一部のアミノ酸でねじれ角に不適切な理想値が設定されてしまっていた問題の修正です．特にMETやLEUなど．chi*の名前はREFMACでも使われるので，ちょっと大きな問題でした．同時に，nucleus distanceも最新のテーブルの値になっています． ...