CCP4 9.0アップデートまとめ
私の興味範囲のみのまとめです． 公式情報: https://www.ccp4.ac.uk/ccp4-8-0-updates/ リリースノートに記載されてないアップデートも実際にはあるのがCCP4 update. 実際にどのファイルが変わったのかは $CCP4/restore/update.log に記録されています． 9.0.004 2024-10-19公開 Acedrg 298 (rev 330) link作成時にplane/torsionの名前が重複する問題の修正 デフォルトのmonomer IDがUNLからLIGに変更 金属含有化合物への対応(途中) Servalcat 0.4.88 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.88 refmacatで --keep_entities 指定されたときにinputのentityをoutputにもそのままコピーするように変更 (PDB-REDOからのリクエスト)． 9.0.003 2024-08-19公開 Servalcat 0.4.82 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.82 refmacatに関しては，unrestrained refinementのときに未知のlink idがあると止まってしまうバグを修正． もう一つ，352dのP/156のようなaltlocで原子の組成が異なるモデルに対してうまくいかないバグがあり，これはgemmi側で修正済みなので次のバージョンから対応される． これでPDBの構造に対してunrestrained refinementは全部うまくいくはず． あとはtwin refinementの実装を追加 (experimental) Mosflm mosaicity計算のバグが修正された．レポジトリの方でコミットが見つからない．． 9.0.002 2024-07-24公開 Refmac 5.8.0430 (rev 497) バージョン番号変わってませんが，mmcif/crdから_struct_ncs_operから回転行列を読むときに，-1未満の数字があると行列の全要素が0になるバグが修正されています．例えば3cjiの31番目の要素が 31 generate 0.999999 -0.000494 0.000078 0 -0.000483 -0.999992 0.000166 179.67 0.000075 -0.000165 -1.000002 253.383 となっており，これが全部0になってしまうという問題．pdbからMTRIXを読む場合はもともと問題ありませんでした． Refmacatの場合はcrd (cif)を経由するので，この問題の影響を受けてしまってました． Servalcat 0.4.77 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.77 refmacatに関する修正が主． “given”のstrict NCS matrixを使わないように修正 (ただし出力ファイルから漏れてしまう問題が残ってる) 出力mmcifのlabel_seq_idを修正 未知のexternal restraint keywordがあると落ちる問題の修正(exte torsでperiodを指定した人がいて発覚) unrestrained refinementのキーワードで大文字小文字の区別が入ってしまっていたので修正 + unrestrainedの場合でもcrdを経由するように修正 出力mmcifのrefmac versionに(refmacat XXX)の記述を追記 PDB側でもマップ生成にrefmacの代わりにrefmacatを使い始めたようで，unrestrained refinementに関する修正はその目的． unrestrained + 0 cycleなのでrefmacatの意味無いと思っていたが，refmac5に直接4icmのcifを読ませると落ちるなど問題がある模様．...