Ccp4

私の興味範囲のみのまとめです． 公式情報: https://www.ccp4.ac.uk/ccp4-8-0-updates/ リリースノートに記載されてないアップデートも実際にはあるのがCCP4 update. 実際にどのファイルが変わったのかは $CCP4/restore/update.log に記録されています． 9.0.017 2026-08-06公開 gemmi 0.7.6-dev 緊急アップデート．-dev表記だとSIMBADが壊れるということで，バージョンは0.7.5のまま (0.7.6はまだリリースされていない)． 実際含まれているのはv0.7.5-179-ggab89334 実際，Refmacatで金属含有化合物を使うとコケるバグを直したところなので，このアップデートは必須です 9.0.016 2026-07-03公開 servalcat 0.4.142 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.142 gemmiも0.7.5へ更新． metalcoord 0.2.14 https://github.com/Lekaveh/MetalCoordAnalysis/releases/tag/v0.2.14 Acedrg 331 (rev 391) enabled non-geo_opt module. changed functional group “NH-ARG” smiles for more protonation cases. minor changes 9.0.015 2026-04-17公開．アップデート多数 servalcat 0.4.128 https://github.com/keitaroyam/servalcat/releases/tag/v0.4.128 gemmiも0.7.4へ更新． monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-9.0.015 SS linkの削除 #66 TRP-MAN linkの追加 #67 ホスホジエステル結合のリン酸の結合角のsigmaを1.5°に #68 SS linkは，CYS同士のdisulfと違って，任意の残基のSG原子同士の結合を作ってしまうので，誤った結合を起こしやすい．よって削除． 精密化においてリン酸のジオメトリが歪みやすく，その原因は一部の結合角のsigmaが3.0°になっているせいだった．3.0だったのは単にacedrgの最大値で，対応する角度がデータベースで見つからないせい． metalcoord 0.2.13 https://github.com/Lekaveh/MetalCoordAnalysis/releases/tag/v0.2.13 lorestr refmac5のかわりにrefmacatを使うように変更． 9.0.014 2026-02-23公開 Acedrg 330 (rev 389) PROのNがプロトン化しなくなってたので修正 sp1-sp1などtorsionに関する修正 rdkitのCHI_OCTAHEDRALに関する修正 tree generation algorithmsがロバストに その他バグ修正 CAD 内部変数VRSET_MAGICが環境変数CAD_VRSET_MAGICで変えられるようになった ...

私の興味範囲のみのまとめです． 公式情報: https://www.ccp4.ac.uk/ccp4-8-0-updates/ リリースノートに記載されてないアップデートも実際にはあるのがCCP4 update. 実際にどのファイルが変わったのかは $CCP4/restore/update.log に記録されています． 8.0.019 2024-04-11公開 monomer library 下記の問題のために古いバージョンに戻されてしまった https://github.com/keitaroyam/servalcat/issues/14 8.0.018 2024-04-03公開 新しいServalcatが入るはずでしたが，GEMMIのビルドシステム変更のためにGEMMIのバージョンを上げられず， 最新のGEMMIを必要とするServalcatも次のCCP4メジャーアップデートまで見送りとなりました． このためAcedrgのアップデートも見送りとなりました． 既知のバグが直ってないままになるのは残念だけど仕方ない．早く次のバージョンが出ますように Coot 0.9.8.93 https://www.mail-archive.com/coot@jiscmail.ac.uk/msg05645.html Mutate Residue RangeでDNAがRNAになってしまう問題の修正 TYRのHH原子に関する問題の修正: https://github.com/pemsley/coot/commit/5b52df6509afd137d72c604a6dde1232fe6cff70 monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-8.0.018 AX/RXを追加．phaserで使われる未知の異常散乱/実原子．なぜか今までのRefmacでは定義無しで動いていたらしい？ #51 CCDにおける原子名の変更などを反映 #44 TYRのhh1 (OHのねじれ角)が間違っていたのを修正 #45 PROのNがsp2になってしまっていた問題の修正．すべてのP-peptideをプロトン化(NH2+)状態に #38 B12の修正 #41 PDBによるペプチド主鎖原子の修正を反映 #40 Robbieによる修正 #35 8.0.017 2024-01-18公開 Refmac 5.8.0425 http://fg.oisin.rc-harwell.ac.uk/scm/loggerhead/refmac/5.8/revision/487 残基数の最大値を50000から100000に symmetry related external bond distanceが正しく機能しないバグを修正 LINKヘッダに書く順序で認識されたりされなかったりするバグが発生しており，直っていない．Refmacatを使えば問題なし． CCP4i2 Refmac5インタフェースでRefmacatが使われるようになり，中性子構造の精密化のインタフェースが追加された． 残念ながらServalcatが古いままで，最近行った様々なバグ修正が反映されてない． Windowsでgemmi 0.6.4が正しく動かないバグが見つかったことが原因． doubleHelix 新プログラム https://doi.org/10.1093/nar/gkad553 8.0.016 2023-10-05公開 Coot 0.9.8.92 https://www.mail-archive.com/coot@jiscmail.ac.uk/msg05575.html 前回のad hocな解決方法ではDNA-SERやdisulfでも問題が起きることが分かったので，ついにちゃんとした修正が入りました． 一部まだ挙動が怪しいようですが． monomer library https://github.com/MonomerLibrary/monomers/commits/ccp4-8.0.016 ホスホジエステル結合(p)にtorsion angle alphaが抜けていたので追加 #33 Acedrg 278で20種のアミノ酸を更新 #32 すでにCCD (PDBの低分子ライブラリ)に存在しないエントリを削除 #30 gemmi 0.6.0以前でエラーになる項目を修正 #29 2.は一部のアミノ酸でねじれ角に不適切な理想値が設定されてしまっていた問題の修正です．特にMETやLEUなど．chi*の名前はREFMACでも使われるので，ちょっと大きな問題でした．同時に，nucleus distanceも最新のテーブルの値になっています． ...