Refmac/Cootのtorsion angle restraintとArg問題
monomer libraryとtorsion angle CCP4 monomer libraryにはねじれ角(torsion angle)の理想値・周期・標準偏差が記述されています． 例えばARGの定義は https://github.com/MonomerLibrary/monomers/blob/master/a/ARG.cif にありますが，現時点でのtorsion angle restraintsを眺めてみると，以下のようになっています． ARGの構造と原子名の対応についてはRCSB PDB - ARG Ligand Summary PageでLabelsボタンを押して確認してください． loop_ _chem_comp_tor.comp_id _chem_comp_tor.id _chem_comp_tor.atom_id_1 _chem_comp_tor.atom_id_2 _chem_comp_tor.atom_id_3 _chem_comp_tor.atom_id_4 _chem_comp_tor.value_angle _chem_comp_tor.value_angle_esd _chem_comp_tor.period ARG chi1 N CA CB CG -60.000 10.0 3 ARG chi2 CA CB CG CD 180.000 10.0 3 ARG chi3 CB CG CD NE -60.000 10.0 3 ARG chi4 CG CD NE CZ 180.000 10.0 6 ARG chi5 CD NE CZ NH2 180....